Историческият период на Египет започва на границата на третото и четвъртото хилядолетие преди раждането на Христос. Древната културна традиция, подложена на влиянието на нашественици и вътрешни сътресения, продължава до приемането на християнството през четвърти век сл. Хр. В продължение на почти три и половина хиляди години списъкът и функциите на египетските богове са претърпели значителни промени. Египетските богове придобиват черти и имена, характерни за техните съседи - асирийци, хети, хиксоси, елини.
След обединението на Египет под управлението на един владетел, много богове от отделни региони и племена на страната влязоха в общия пантеон, но повечето от тях бяха почитани само в средата, където възниква техният култ. Някои богове постепенно придобиват общо египетско значение. Богинята Бастет, която има котешка глава, без съмнение е израснала от култа към почитането на котките като пазители на зърнените запаси от мишки. Селското стопанство играе огромна роля в Египетроля, за разлика например от Елада, която се издига главно благодарение на търговията и военните завоевания. Антропоморфните египетски богове често са били надарени с глава на животно, въз основа на почитането на което възниква този или онзи култ. Например бог Тот имаше глава на ибис, богинята Сохмет (Сехмет) имаше глава на лъв, Анубис имаше глава на куче.
С издигането на определени области на страната, смяната на династиите или "преместването" на столицата на ново място, египетските богове от "първия ешелон" също се промениха. Интересна особеност на древноегипетската религия беше наличието на голям брой космогонични митове (т.е. версии за произхода на света) и във всяко населено място местното божество играеше основна роля в този труден въпрос.
Египетските богове в толкова голям брой, превръщайки се в основата на местния сепаратизъм, без съмнение, не са били необходими на нито една държава. Освен това многобройните култове изискват изразходване на голямо количество материални средства, които могат да бъдат изразходвани с много по-голяма полза за вътрешното устройство на страната, за издръжката на армията и т.н. И имайки голямо богатство и влияние, жреческите кланове директно заплашваха единствената власт на фараона.
Като се вземат предвид всички неща, фараонът Аменхотеп IV, приемайки името Ехнатон, въвежда култа към второстепенно регионално божество Атон (обожественият слънчев диск) като обща египетска религия. Но инерцията на традицията беше твърде силна и Ехнатон умира, преди да навърши четиридесет години. Според най-убедителната версия е билотровен. Вярно е, че преследването не докосна семейството и съпругата му (известната Нефертити) остана жива много години след смъртта на съпруга си.
След персийското и по-късно елинското превземане на страната, египетските богове и богини постепенно започват да губят предишното си влияние, изпадат в упадък. Те се сливат с боговете на нашествениците. Например Александър Велики е бил почитан в Египет като син на Зевс-Амон, синкретично египетско-елинистично божество.
Когато египетските богове, чиито имена имат както местен, така и смесен произход, започват да отстъпват място на нова религия – християнството, постепенно започва забравата на древноегипетската писменост. При управлението на император Константин умира последният носител на египетската религиозна традиция, след което в продължение на много векове имената на древноегипетските богове са известни само от съчиненията на гръцки и римски историци. Но и двамата са се запознали с египетската култура в момент, когато тя вече е намаляла и е малко вероятно свещениците да са посветили непознати (често агресивни) в тайните на тяхната религия.
Опитите за дешифриране на древните йероглифи са правени многократно както от арабски учени, така и от европейци, но безуспешно. И едва в началото на деветнадесети век брилянтният лингвист Франсоа Шамполион успява да намери ключа към дешифрирането на египетските текстове. От този момент започва съвременната ера на изучаване на историята и културата на Древен Египет.
